Câu lạc bộ Girondins de Bordeaux ra đời vào 1 tháng 2 năm 1882 hoặc 1 tháng 10 năm 1881, theo một số nguồn tham khảo, ban đầu với chức năng một câu lạc bộ thể thao đa năng. Đến năm 1910, dưới tác động Raymond Brard khi ông cho rằng bóng đá là môn thể thao quan trọng nhất, bóng đá mới có ở câu lạc bộ. Mãi đến năm 1919 mới tổ chức trận đấu chính thức đầu tiên của câu lạc bộ.

Le Girondins chuyển sang chuyên nghiệp năm 1937, sau khi các câu lạc bộ bóng đá ở địa phương là Sporting Club de la Bastidenne và Club Deportivo Espagnol de Bordeaux, cùng với câu lạc bộ hợp nhất là Hispano-Bastidenne lần lượt thành lập rồi giải thể. Bordeaux nghỉ hai mùa bóng trước khi chuyển sang chuyên nghiệp.

Bordeaux có được danh hiệu đầu tiên vào năm 1941 khi họ giành được Cúp bóng đá Pháp sau khi đánh bại SC Fives 2-0 ở chung kết. Phải đến 45 năm sau họ mới đoạt lại được danh hiệu này sau khi thất bại ở 6 trận chung kết.

Mùa bóng 1949–50 Bordeaux lần đầu tiên vô địch Ligue 1, chỉ một năm sau khi vô địch Ligue 2, với André Gérard là một trong những cầu thủ đóng góp lớn nhất. Hàng thủ của Bordeaux thời gian đó được đánh giá là "Pháo đài bất khả xâm phạm", với các cầu thủ nổi bật như De Harder, Kargu và Libar.

Thời gian trôi qua và Bordeaux xuống dốc dần, cho đến mùa bóng 1979-80, 13 tuần sau khi sa thải huấn luyện viên, câu lạc bộ thuê Raymond Goethals, huấn luyện viên thành công ở Anderlecht với những chiến thuật nổi tiếng của riêng ông. Tuy nhiên ông cũng chỉ làm việc ở câu lạc bộ chưa đến một năm, và bị thay thế bằng Aimé Jacquet.

Thập niên 1980 là thời điểm thành công của câu lạc bộ. Bordeaux giành được 3 chức vô địch quốc gia, 2 cúp quốc gia và thường xuyên có mặt ở đấu trường châu Âu. Cho đến đầu thập niên 1990 Bordeaux phải xuống hạng vì lý do tài chính. Chỉ một thời gian ngắn sau họ đã trở lại giải đấu cao nhất của Pháp, và có được kết quả thành công nhất trong lịch sử câu lạc bộ là lọt vào trận chung kết Cúp UEFA năm 1996.

Năm 1999 là thời điểm mạnh nhất của câu lạc bộ trong thập niên 1990. Trong mùa bóng 1998-99, Élie Baup dẫn dắt đội bóng và trong suốt mùa bóng thay nhau chiếm giữ ngôi đầu của giải vô địch với Olympique de Marseille. Trước vòng đấu cuối cùng, Bordeaux chỉ hơn Marseille có 1 điểm (69 với 68). Với bàn thắng quyết định ghi được ở phút 89, Bordeaux giành chức vô địch đầu tiên sau 12 mùa bóng, cũng là chức vô địch quốc gia gần đây nhất.

Mùa bóng 2007-08, câu lạc bộ giành vị trí thứ nhì ở Ligue 1 (sau Lyon) và giành suất tham dự thẳng vòng bảng Champions League. Ở trận tranh Siêu cúp bóng đá Pháp đầu mùa bóng 2008-09, họ đánh bại Lyon trên chấm sút phạt luân lưu, giành Siêu cúp lần thứ hai.

Các mốc thời gian

• 1881/82 - Câu lạc bộ được thành lập.
• 1910 - Bóng đá có mặt ở câu lạc bộ, tuy nhiên chỉ tồn tại trong một mùa.
• 1919 - Bóng đá xuất hiện trở lại câu lạc bộ.
• 1937 - Bordeaux chuyển sang bóng đá chuyên nghiệp.
• 1941 - Chiến thắng đầu tiên: Cúp bóng đá Pháp.
• 1945 - Mùa bóng đầu tiên tại giải vô địch quốc gia.
• 1950 - Danh hiệu vô địch quốc gia đầu tiên.
• 1964 - Lần đầu tiên tham dự đấu trường châu Âu.
• 1984 - Lần đầu tiên tham dự Cúp C1 châu Âu, vào đến bán kết.
• 1987 - Lần đầu tiên giành được cú đúp (vô địch quốc gia và Cúp quốc gia).
• 1996 - Trận chung kết Cúp châu Âu đầu tiên (Cúp C3).
• 1999 - Lần gần nhất vô địch quốc gia.